Die Wehrendorfer Kirchengemeinde wird vom Presbyterium (Kirchenvorstand) geleitet. Das Presbyterium wird alle vier Jahre neu berufen, im Idealfall werden die Presbyterinnen und Presbyter durch Wahl der Gemeinde bestimmt. Das Presbyterium berät über geistliche Fragen, Schwerpunkte der Gemeindearbeit - und entscheidet auch über so nüchterne Themen wie Finanzen, Gebäude und Personalfragen. Das Presbyterium tagt etwa einmal im Monat.
Seit März 2020 gehören dem Wehrendorfer Presbyterium an:
Pfarrer Christoph Beyer
Gerhard Hoberg
Henrik Lechtermann
Rainer Marten (Kirchmeister)
Veronica Ortmeier
Karin Reineke
Helmut Schwartze (Vorsitzender des Presbyteriums).